Mikrovalovi frekvence približno 2450 MHz v pečici povzročijo, da začno molekule vode nihati in vibrirati, to pa povzroča segrevanje snovi. Dlje časa učinkujemo, večji termični učinek dosežemo. Ko snovi ne dovajamo več energije, se začne ohlajati. Nivo mikrovalovnega sevanja se z oddaljenostjo od naprave zelo hitro zmanjšuje. Številne države so uvedle standarde, ki za nove mikrovalovne pečice določajo maksimalno sevanje, ki še lahko »uide« v okolico. Učinkovito zaslanjanje preprečuje uhajanje sevanja ter zmanjšuje sevanje v okolici naprav na skoraj nezaznavno raven. Številne meritve obremenitev v okolici mikrovalovnih pečic kažejo, da obremenitve na oddaljenosti 5 cm ne presegajo 10 W/m2. Več kot polovica rezultatov meritev pa kaže, da so obremenitve na 5 cm manjše od 1 W/m2.
V javnosti je bil res govor o spremembi strukture snovi zaradi hitrega segrevanja z mikrovalov, vendar pa prevladuje mnenje, da je kuhanje hrane z mikrovalovi enako kuhanju na ognju. Poznana težava s pripravo hrane v mikrovalovni pečici je povezana z nehomogenim segrevanjem ter s tem povezanim neustreznim pregretjem določenih delov hrane. Pri tem se določene bakterije v hrani ne uničijo, to pa lahko povzroči prebavne težave Zato moramo hrano ustrezno segreti in jo pustiti dovolj dolgo v pečic, da se toplota čim bolj enakomerno razporedi. Svetujemo tudi upoštevanje navodil za pripravo hrane z mikrovalovi.
